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Concepts généraux de l’écologie microbienne
žÉcologie: étude des organismes dans leurs environnements naturels et aménagés
Dans la nature les microorganismes s’organisent dans l'ordre hiérarchique
suivant :
• Les cellules individuelles du même type se multiplient pour former les populations
• Les populations apparentées métaboliquement constituent des groupes
• Les mélanges de différentes groupes ayant des processus physiologiques
complémentaires interagissent pour former des communautés microbiennes
• Les communautés microbiennes interagissent alors avec les communautés de macroorganismes et les facteurs
physico-chimiques de l'environnement pour définir un écosystème
- On ne connaît que peu d’activités de seulement une petite partie du monde microbien: il ya de nombreux microorganismes qui restent à découvrir et c'est un objectif majeur de l'écologie microbienne.
- Chaque type de microorganisme a au moins une niche écologique, c'est à dire, une fonction qu'il peut concurrencer avec succès dans un habitat.
- Il existe un nombre infini de niches microbiennes dans la biosphère et sont en grande partie responsables de la grande diversité métabolique et de la biodiversité des microorganismes sur la terre.
- Les microorganismes sont de petite taille, leurs habitats sont donc de petite taille et leur niches écologiques peuvent également couvrir de petites échelles spatiales. Malgré leurs petites tailles, les microorganismes influencent néanmoins les écosystèmes sur de plus grandes échelles, y compris au niveau global, par exemple, leurs rôles dans les cycles biogéochimiques de C, N, S nécessaire au maintient de la vie sur terre.
- Le concept de micro-environnement devient important pour comprendre comment les microorganismes vivent et métabolisent au sein de leurs habitats naturels.
- Ces micro-environnements subissent de profonds changements dans les caractéristiques physico-chimiques, généralement sous forme de gradients.
- Exemple: La consommation d'oxygène par voie respiratoire par les grandes populations de bactéries aérobies sur les biofilms au niveau de la bouche chez l'être humain, crée des micro-environnements anoxiques qui permettent aux bactéries anaérobies de produire divers substances volatiles issues de la fermentation des résidus d’aliments ce qui cause l’odeur "mauvaise haleine".
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